ศูนย์นวัตกรรมและเทคโนโลยีดิจิทัล เกิดจากการควบรวมหน่วยงาน 2 หน่วยงานเข้าด้วยกัน ในเดือน มกราคม 2561 คือ ศูนย์คอมพิวเตอร์ และ ศูนย์การเรียนรู้ดิจิทัลและทรัพยากรสารสนเทศ โดยมีภาระกิจหลักเพื่อสรรหา พัฒนา สนับสนุนการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศ นวัตกรรมการเรียนการสอน การค้นคว้าวิจัย และพื้นที่การเรียนรู้ที่ทันสมัย เพื่อสนับสนุนพันธกิจหลักของมหาวิทยาลัย โดยสำนักงานตั้งอยู่ที่อาคาร 1 (อาคารสงขลา) และอาคาร 3 (อาคารสุราษฏร์ธานี) โดยแบ่งพื้นที่สำนักงานดังนี้ 

อาคารสงขลา ชั้น 2 เป็นที่ตั้งของ Data Center ซึ่งเป็นศูนย์กลางของการให้บริการระบบสารสนเทศทั้งหมดของมหาวิทยาลัย ห้องผลิตสื่อออนไลน์ (VAR Room : Video and Audio Recording Room) และเป็นที่ตั้งของสำนักงานฝ่ายพัฒนาระบบสารสนเทศและเครือข่ายดิจิทัล ซึ่งให้บริการระบบเครือข่าย และระบบสารสนเทศของทั้งมหาวิทยาลัย และฝ่ายนวัตกรรมและเทคโนโลยีดิจิทัล ซึ่ง ให้บริการจัดหา พัฒนา และสนับสนุนการจัดกิจกรรมการเรียนการสอนด้วยระบบสารสนเทศและนวัตกรรมที่ทันสมัย รวมถึงการออกแบบและจัดทำเว็บไซต์ของมหาวิทยาลัยและหน่วยงานต่างๆ การผลิตสื่อการเรียนการสอนและการให้ทุนสนับสนุน

อาคารสุราษฏร์ธานีชั้น 2 และ ชั้น 3 เป็นพื้นที่ให้บริการ ยืม–คืน ทรัพยากรการเรียนรู้, Internet zone เพื่อการสืบค้นฐานข้อมูล ,บริการ Share Printing, บริการฐานข้อมูลออนไลน์,บริการตอบคำถามและช่วยค้นคว้า, บริการจัดหาทรัพยากรสารสนเทศ หนังสือภาษาไทยและหนังสือภาษาต่างประเทศ และบริการพื้นที่การเรียนรู้ (Learning Space) ห้องเรียนเล็ก และห้องประชุมเล็ก สำหรับบุคลากรและนักศึกษา 

ในปี 2565 ศูนย์นวัตกรรมและเทคโนโลยีดิจิทัล ได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างหน่วยงานใหม่จากเดิมที่ฝ่ายพัฒนาระบบสารสนเทศและเครือข่ายดิจิทัลจะมีแค่ส่วนงานด้านเครือข่ายดิจิทัล เพื่อให้การบริหารงานด้านการพัฒนาระบบสารสนเทศมีความคล่องตัวมากยิ่งขึ้น จึงเพิ่มส่วนงานด้านพัฒนาระบบสารสนเทศ และมีหัวหน้างานเพิ่มขึ้นอีก 1 ตำแหน่ง